Corría diciembre de 1994, cuando anunció su candidatura para las elecciones presidenciales del año siguiente, encabezando la agrupación electoral Perú Posible que estableció alianza con la Coordinadora Democrática, llamada CODE - País Posible.

Toledo fue designado candidato de la alianza y a pesar de alcanzar, en las encuestas previas, un creciente 11% (hecho que lo llevó a ser calificado como el "fenómeno Toledo") en los resultados oficiales sólo alcanzó un 3,5% de los votos válidamente emitidos. Esas elecciones las ganó con más del 62% de las preferencias el entonces presidente Fujimori.

Luego de la renuncia de Fujimori y su autoexilio en el Japón, el 22 de noviembre de 2000 el Presidente del Congreso, Valentín Paniagua asumió la presidencia de la República y en su mandato convocó a elecciones para mayo de 2001.

Ese año Alejandro Toledo fue proclamado como el primer presidente con ascendencia indígena, en ser democráticamente elegido en quinientos años, convirtiéndose en uno de los más prominentes líderes democráticos de América Latina.

Durante los cinco años de su administración, la economía peruana creció a un promedio de 6% la cual es considerada como una de las economías de crecimiento más rápido en América Latina. La inflación estuvo en un promedio de 1,5% y el déficit fiscal se redujo hasta 0,2%. Durante el proceso de apertura de mercados como China y Tailandia, se negociaron acuerdos de libre comercio entre Estados Unidos de América, Chile, México y Singapur, los cuales ya han sido firmados. Estos mercados están generando nuevas inversiones y puestos de trabajo para los peruanos más necesitados.

Sin embargo dejó el poder con una profunda crisis de gobernabilidad, y una desaprobación popular que bordeó el 8%, según las encuestas.

Plan de gobierno. El plan de gobierno, se centra en nueve puntos calves: democracia, eficacia, transparencia, crecimiento, inclusión, seguridad, descentralización, justicia y derechos humanos.

Alejandro Toledo contruyó un plan que incluye 450 compromisos, cuya elaboración y ha sido preparada por cerca de 40 técnicos, encabezados por Luis Thais.

Una de las principales áreas que pretende destacar Toledo, es la lucha contra la pobreza, además una “revolución en la educación”, así como la construcción de un país competitivo con crecimiento económico sostenido y más inclusión social para cambiarle el rostro al país.

El plan incluye mejoras en la infraestructura eléctrica y nuevas plantas de irrigación en busca de agua limpia. Toledo Manrique también señaló que incrementará el sueldo en el sector salud y el de las Fuerzas Armadas.