Cargo 1: cohecho. Samuel Moreno Rojas habría cometido el delito de cohecho porque, a través del abogado Álvaro Dávila, hizo acuerdos con el excontralor de Bogotá Miguel Ángel Moralesrussi y con Manuel, Miguel y Guido Nule para obtener, junto con su hermano Iván, un porcentaje de los dineros que los Nule recibían como contratistas del Estado. De esta manera, unos $15 mil millones en obras públicas habrían ido a parar a bolsillos privados.

Cargo 2: peculado. Según determinó la Fiscalía, Moreno Rojas, de la mano del IDU, cedió irregularmente el contrato de la Fase III de Transmilenio, que habían conseguido los Nule, a la firma Conalvías. Al hacerlo, modificó el contrato original para beneficiar a los nuevos contratistas con dineros que no les correspondía recibir.

Cargo 3: interés indebido. El interés indebido en la celebración de contratos lo habría cometido el exalcalde porque, por el cargo que ostentaba, conoció del trámite de contratos de la malla vial y de valorización, e intervino ilícitamente en licitaciones para cambiar métodos de evaluación sobre propuestas, proponentes, experiencia o estados financieros. En el caso de la cesión del contrato de la Fase III de Transmilenio, el contrato ilegalmente se modificó y su valor fue incrementado en unos $150 mil millones.

Cargo 4: concusión. La Fiscalía acusa a Samuel Moreno de haberle exigido $5.000 millones a Miguel Nule para que su firma, con respecto a las obras de la Fase III de Transmilenio, no fuera penalizada por no haber entregado el trabajo a tiempo. Moreno habría pedido el dinero en la sala VIP de Avianca, en el aeropuerto Eldorado, un día en que ambos viajaban a Miami.